НДС в здравоохранении с 2026 года: ставка 5% на лекарства и медизделия, освобождение медуслуг

Что изменилось для аптек и медорганизаций

С 1 января 2026 года новый Налоговый кодекс ввёл поэтапный переход к обложению НДС в сфере здравоохранения. Реализация лекарственных средств и медицинских изделий в оптовом и розничном сегментах, ранее освобождавшаяся от НДС, теперь облагается по пониженной ставке 5%. С 1 января 2027 года ставка вырастет до 10%.

Одновременно сохранены широкие освобождения: медуслуги и препараты в рамках ГОБМП и ОСМС по-прежнему не облагаются НДС, как и импорт фармацевтических субстанций для их производства. Это ключевое разграничение, которое бухгалтер должен видеть в номенклатуре и учётной политике: одна и та же позиция может проходить и как облагаемая по 5%, и как освобождённая — в зависимости от канала реализации.

На 24 заседании Проектного офиса внедрения НК РК от 10 августа 2026 года НПП «Атамекен» предложила ввести единую сквозную ставку 5% и полностью освободить медуслуги от НДС. Решение пока не принято: участники договорились вернуться к вопросу после анализа бюджетных последствий. До этого момента действуют нормы, зафиксированные в кодексе.

Ставки НДС и этапы их изменения

Для лекарственных средств и медицинских изделий, реализуемых вне ГОБМП и ОСМС, установлены две ставки с чёткими датами применения:

• с 1 января 2026 года по 31 декабря 2026 года — 5% на реализацию лекарственных средств и медицинских изделий в опте и рознице;
• с 1 января 2027 года — 10% на те же категории товаров, если законодатель не пересмотрит подход по итогам обсуждения единой ставки.

Пониженная ставка распространяется именно на товар — лекарственные средства и медицинские изделия. Прочие товары, реализуемые аптеками (косметика, БАДы, не относящиеся к медизделиям, сопутствующие товары), облагаются по стандартной ставке НДС. Поэтому корректная классификация номенклатуры по государственному реестру лекарственных средств и медизделий — обязательное условие для применения ставки 5%.

Что освобождено от НДС полностью

Освобождения в сфере здравоохранения сохраняются для нескольких категорий операций. Их необходимо разделять с оборотами, облагаемыми по 5%, поскольку они по-разному отражаются в декларации по НДС и влияют на пропорцию отнесения НДС в зачёт.

• медицинские услуги и лекарственные средства, предоставляемые в рамках ГОБМП и ОСМС (свыше 3 тыс. наименований препаратов);
• медицинские услуги по лечению, диагностике, профилактике и реабилитации редких и социально значимых заболеваний;
• импорт фармацевтических субстанций, используемых для производства лекарственных средств в рамках ГОБМП и ОСМС.

Для медорганизации это означает необходимость раздельного учёта: обороты по ГОБМП/ОСМС идут как освобождённые, платные услуги вне этих программ — в общем порядке. При наличии смешанной деятельности вопрос отнесения НДС в зачёт решается пропорциональным методом либо методом раздельного учёта, закреплённым в учётной политике.

Обсуждение единой сквозной ставки 5%

Отрасль неоднократно поднимала вопрос о сложности администрирования при одновременном применении освобождения, ставки 5% и стандартной ставки НДС. На заседании 10 августа 2026 года НПП «Атамекен» от имени отрасли предложила закрепить единую сквозную ставку НДС 5% на все лекарственные средства и медицинские изделия и полностью освободить медуслуги от НДС — со ссылкой на практику стран ОЭСР, где медицинские услуги преимущественно облагаются по ставке 0%.

Освобождение от налогов не влияет на цену реализуемых услуг, лекарственных средств и медизделий — этот тезис прозвучал в ходе заседания. Поэтому пересмотр ставок требует всестороннего анализа влияния на бюджет и доступность помощи для населения.

Практический вывод для бухгалтера: пока изменения не оформлены поправками в НК РК, планировать деятельность и цены 2027 года следует исходя из действующей нормы — рост ставки с 5% до 10% с 1 января 2027 года. Любые ожидания «сохранят 5%» до внесения поправок остаются гипотезой.

Практический чек-лист для бухгалтера

1. Провести инвентаризацию номенклатуры и разделить её на три группы: облагаемые НДС 5% (лекарства и медизделия вне ГОБМП/ОСМС), освобождённые (в рамках ГОБМП/ОСМС), облагаемые по стандартной ставке (прочие товары).
2. Настроить в учётной системе ставки НДС по каждой группе и проверить корректность их подстановки в ЭСФ; для аптек критично, чтобы касса и товароучёт передавали правильную ставку в фискальные документы.
3. Закрепить в учётной политике метод отнесения НДС в зачёт при наличии освобождённых оборотов — пропорциональный или раздельного учёта.
4. Проверить договоры с поставщиками и покупателями на предмет условий о цене «с учётом НДС» — в 2026 году цена лекарств включает 5%, а с 2027 года при действующей редакции — 10%.
5. Подготовить сценарий пересчёта цен и договоров к 1 января 2027 года на случай, если рост ставки до 10% не будет отменён поправками.
6. Следить за материалами Проектного офиса внедрения НК РК и разъяснениями КГД МФ РК: вопрос единой ставки 5% отложен, но не снят.

Связанные темы и калькуляторы

Тема пересекается с общими изменениями по НДС в НК РК 2026 (пороги постановки на учёт, ставки, форма 300.00) и с вопросами администрирования ЭСФ. Для оперативных расчётов сумм НДС по ставкам 5%, 10% и 12% используйте калькулятор НДС на arqabuh.kz, а полный обзор новшеств по косвенным налогам смотрите в pillar-материале «Новый Налоговый кодекс 2026: что изменилось для бизнеса».

Материал носит информационный характер. Перед применением сверяйтесь с актуальной редакцией НК РК и разъяснениями КГД МФ РК.